Les commissions administratives paritaires sont présidées par l'autorité territoriale.
Elles sont présidées, lorsqu'elles siègent en tant que conseil de discipline, par un magistrat de l'ordre administratif, en activité ou honoraire, désigné par le président du tribunal administratif dans le ressort duquel est situé le siège du conseil de discipline.

Lors de la réunion de la commission administrative paritaire mentionnée au 1° de l'article L. 261-2, le président du centre de gestion de la fonction publique territoriale peut se faire assister d'un collège composé des représentants des employeurs des collectivités affiliées afin d'établir les listes d'aptitudes prévues à l'article L. 523-1.