Le conseil d'administration de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail comprend :
1° Neuf représentants des employeurs nommés par le ministre chargé du travail dans les conditions suivantes :
a) Cinq représentants, sur proposition du Mouvement des entreprises de France (MEDEF) ;
b) Un représentant des entreprises publiques, après consultation du Mouvement des entreprises de France (MEDEF) ;
c) Un représentant, sur proposition de la Confédération générale des petites et moyennes entreprises (CGPME) ;
d) Un représentant, sur proposition de la Fédération nationale des syndicats d'exploitants agricoles (FNSEA) ;
e) Un représentant, sur proposition de l'Union professionnelle artisanale (UPA) ;
2° Neuf représentants de salariés nommés par le ministre chargé du travail dans les conditions suivantes :
a) Trois représentants, sur proposition de la Confédération générale du travail (CGT) ;
b) Deux représentants, sur proposition de la Confédération française démocratique du travail (CFDT) ;
c) Deux représentants, sur proposition de la Confédération générale du travail ― Force ouvrière (CGT-FO) ;
d) Un représentant, sur proposition de la Confédération française de l'encadrement ― Confédération générale des cadres (CFE-CGC) ;
e) Un représentant, sur proposition de la Confédération française des travailleurs chrétiens (CFTC) ;
3° Trois personnes qualifiées en matière de conditions de travail nommées pour trois ans par le ministre chargé du travail ;
4° Six représentants des ministres intéressés, à raison de :
a) Un représentant du ministre chargé du travail ;
b) Un représentant du ou des ministres chargés des transports et de la marine marchande ;
c) Un représentant du ministre chargé de l'agriculture ;
d) Un représentant du ou des ministres chargés de l'industrie, du commerce et de l'artisanat ;
e) Un représentant du ministre chargé de la construction ;
f) Un représentant du ministre chargé des droits des femmes, nommés par le ministre du travail, sur proposition, en tant que de besoin, du ministre compétent.

Le conseil d'administration de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail élit un président parmi ses membres, à la majorité absolue.
Son président est assisté par un directeur nommé par le ministre chargé du travail.

La désignation des personnalités prévues au quatrième alinéa de l'article L. 4642-2 est notifiée, selon le cas, par le président de l'Assemblée nationale, le président du Sénat ou par le président du Conseil économique et social au ministre chargé du travail. Ce dernier en informe le président du conseil d'administration de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail.

Le conseil d'administration est réuni au moins quatre fois par an, sur convocation de son président.
Le président du conseil d'administration réunit également celui-ci sur demande de la moitié de ses membres en exercice.

En plus des personnalités prévues au quatrième alinéa de l'article L. 4642-2, assistent avec voix consultative aux réunions du conseil d'administration :
1° Le membre du corps du contrôle général économique et financier de l'agence ;
2° Le directeur et l'agent comptable de celle-ci ;
3° En tant que de besoin, les représentants des ministres qui ne siègent pas au conseil d'administration lorsque le conseil est appelé à connaître de questions entrant dans les attributions de ces ministres ;
4° Toute personne dont il paraît utile de recueillir l'avis.

L'ordre du jour de chaque réunion est arrêté par le président.
Toute question dont l'inscription a été demandée par six membres au moins du conseil d'administration est portée à l'ordre du jour.

Les délibérations du conseil d'administration ne sont valables que si la moitié au moins des membres en exercice sont présents.

Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.

Le procès-verbal de chaque séance, signé par le président, est adressé dans les quinze jours suivant la séance qu'il retrace au ministre chargé du travail et au ministre chargé des finances.

Indépendamment des attributions qu'il tient des décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique, le conseil d'administration délibère sur les orientations de l'activité de l'Agence.
Il arrête, sur proposition du directeur, l'organisation intérieure de l'Agence ainsi que le règlement intérieur.
Il donne un avis sur toute question qui lui est soumise par le président du conseil d'administration ou par le ministre chargé du travail et, le cas échéant, par d'autres ministres.

Le conseil d'administration de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail délibère sur le budget de l'agence, ainsi que sur le programme des actions menées par elle.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires lorsque, dans les vingt jours suivant la notification du procès-verbal, le ministre chargé du travail n'a pas fait connaître son opposition motivée.
Toutefois, ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par arrêté conjoint des ministres chargés du travail et de l'économie et des finances les délibérations portant sur le budget, le compte financier, les emprunts, les acquisitions, les aliénations et échanges d'immeubles.

Les ministres chargés du travail et des finances peuvent, par arrêté conjoint, exempter d'approbation certaines délibérations relatives aux modifications du budget ainsi qu'aux acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles.

Les membres du conseil d'administration de l'Agence nationale ont droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour effectivement supportés par eux à l'occasion des réunions du conseil, conformément aux dispositions du décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.