Les forces françaises stationnées sur le territoire de la République de Djibouti sont placées sous le commandement d'un officier général qui porte le titre de commandant des forces françaises stationnées à Djibouti.
Cet officier relève directement du chef d'état-major des armées.
Il est assisté par un adjoint interarmées et par un chef d'état-major interarmées.

Le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti a autorité sur les formations des armées et des services interarmées stationnées dans les limites territoriales de son commandement.
Il exerce par ailleurs, lorsqu'elle lui est accordée, une autorité d'emploi sur les organismes locaux relevant des autres directions et services du ministère de la défense.
Il peut consentir des délégations de signature à son adjoint et à son chef d'état-major mentionnés à l'article D. 3241-5 et aux responsables locaux des organismes sur lesquels il exerce une autorité d'emploi.

Sous l'autorité du chef de la mission diplomatique française auprès de la République de Djibouti, le commandant des forces françaises veille à l'application des accords relatifs à la présence et au statut des forces françaises stationnées sur le territoire de la République à Djibouti.
Sous couvert de la même autorité, il entretient toutes relations utiles avec les autorités djiboutiennes.
En liaison avec les chefs des missions diplomatiques françaises concernées, le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti entretient toutes relations utiles avec les organes militaires des communautés économiques régionales de l'Afrique de l'Est, avec les organes militaires des pays qui composent ces communautés économiques régionales et avec les organes militaires des pays de sa zone de responsabilité.

Le commandant des forces françaises stationnées à Djibouti dispose d'un état-major interarmées dont la structure et les effectifs sont fixés par le ministre de la défense.