Le préfet du département ou le préfet de région procède à l'instruction de la demande et consulte pour avis le directeur régional de l'environnement ainsi que les services déconcentrés intéressés.

Il recueille également l'avis du procureur général près la cour d'appel dans le ressort de laquelle l'association a son siège social.

Lorsque l'agrément est sollicité dans un cadre communal ou intercommunal, le préfet recueille l'avis du maire de la commune où l'association a son siège social.

Les personnes consultées en application de l'article R. 141-9 doivent faire connaître au préfet leur avis dans un délai de deux mois. Faute de réponse dans ce délai, leur avis est réputé favorable.

Lorsqu'il n'est pas l'autorité compétente pour statuer sur la demande, le préfet transmet le dossier, avec son avis, au ministre chargé de l'environnement.

Lorsque l'objet statutaire de l'association qui demande l'agrément comprend l'urbanisme, le ministre chargé de l'environnement consulte le ministre chargé de l'urbanisme. Ce dernier donne son avis dans un délai d'un mois. A défaut de réponse dans ce délai, son avis est réputé favorable.