Voies navigables de France est administré par un conseil d'administration, qui comprend :

1° Des représentants de l'Etat ;

2° Des personnalités qualifiées dans les domaines de la navigation intérieure, des transports, de l'énergie hydraulique, de la protection des milieux aquatiques et de l'aménagement du territoire ;

3° Des représentants du personnel de l'établissement. Sont électeurs au conseil d'administration toutes les catégories de personnel mentionnées à l'article L. 4312-3-1. L'élection a lieu par collège représentant respectivement, d'une part, les personnels mentionnés aux 1° à 3° du même article L. 4312-3-1 et, d'autre part, les personnels mentionnés au 4° dudit article, dans des conditions de nature à permettre la représentation de chaque collège fixées par décret en Conseil d'Etat. Le nombre de représentants du personnel au conseil d'administration tient compte des effectifs respectifs des agents de droit public et des salariés de droit privé de l'établissement.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des transports, sur proposition du conseil d'administration, parmi ses membres.
Il désigne, parmi les représentants de l'Etat au conseil d'administration, un suppléant qui préside la séance en cas d'empêchement.