L'administration du port est assurée par un conseil d'administration, assisté d'un directeur.

Le conseil d'administration est composé pour moitié :
1° De membres désignés par les chambres de commerce et d'industrie et les collectivités territoriales de la circonscription et de représentants du personnel de l'établissement public et des ouvriers du port ;
2° De membres représentant l'Etat et de personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans le domaine des ports, de la navigation maritime, du transport, de l'économie régionale ou générale.
Le conseil d'administration élit parmi ses membres son président.
Les représentants du personnel de l'établissement public et des ouvriers du port sont choisis sur des listes établies par chacune des organisations syndicales les plus représentatives.
Les membres mentionnés au 2° sont nommés par décret.

Dans la limite du montant des dépenses d'exploitation et des opérations en capital faisant l'objet des états prévisionnels mentionnés au premier alinéa de l'article L. 5313-10, le conseil d'administration décide des travaux à effectuer et des outillages à mettre en œuvre lorsqu'ils ne bénéficient pas du concours financier de l'Etat et n'entraînent pas de modification essentielle dans les accès ou ouvrages du port, ainsi que pour l'exploitation.
Le conseil d'administration a notamment le pouvoir de fixer les tarifs maximums et les conditions d'usage pour les outillages qu'il gère lui-même.
Il prend, en se conformant à l'article L. 5313-10, les mesures nécessaires pour la création des ressources destinées à couvrir les charges qui lui incombent.
Il est consulté sur toutes les questions relevant des divers services publics intéressant le port.

Le conseil d'administration du port autonome établit et présente, chaque année, à l'approbation de l'autorité administrative les états prévisionnels relatifs à l'exercice suivant, concernant les dépenses et les recettes de l'exploitation et les opérations en capital.
Les prévisions du compte d'exploitation sont présentées en équilibre pour chaque exercice. Au cas où les ressources existantes ne seraient pas suffisantes pour couvrir la totalité des charges d'exploitation, l'autorité compétente peut créer d'office les ressources nouvelles nécessaires.

Sous réserve des dispositions prévues par l'article L. 5313-12, le personnel du port autonome est soumis au code du travail.
Le personnel des concessions d'outillage public des chambres de commerce et d'industrie de la circonscription du port autonome, en service à la date de création de ce dernier, est intégré dans les services correspondants du port autonome, sans que puisse être diminuée la garantie qui lui était attribuée au même moment en ce qui concerne les conditions d'emploi, de rémunération et de retraite.

Les fonctionnaires mis à la disposition de l'administration du port pour occuper des emplois dans ses services peuvent être placés dans la position de détachement ou, à leur demande, dans la position hors cadres prévue par le chapitre V de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale.
Tout membre du personnel ouvrier affilié au régime de retraite des ouvriers des établissements industriels de l'Etat, qui passe au service du port autonome, a la faculté d'opter entre le maintien de son affiliation et son rattachement au régime du personnel du port autonome.

Les modalités d'application du présent chapitre sont fixées par décret en Conseil d'Etat.