La région organise les transports maritimes réguliers publics de personnes et de biens pour la desserte des îles françaises, sauf dans les cas où une île appartient au territoire d'une commune continentale. Elle peut conclure une convention à durée déterminée avec des entreprises publiques ou privées pour assurer l'exercice de cette compétence.

La collectivité territoriale organisatrice mentionnée à l'article L. 5431-1 peut fixer des obligations de service public concernant les ports à desservir, la régularité, la continuité, la fréquence, la capacité à offrir le service et la tarification pour les services réguliers à destination des îles ou entre îles. Ces obligations de service public s'appliquent de façon non discriminatoire à toutes les entreprises.
Elle peut en outre conclure, sur une base non discriminatoire, des contrats de service public afin que soit fourni un niveau de service suffisant. Ces contrats peuvent, en particulier, porter sur :
1° Des services de transport répondant à des normes fixées de continuité, de régularité, de capacité et de qualité ;
2° Des services de transport complémentaires ;
3° Des services de transport à des prix et des conditions déterminées, notamment pour certaines catégories de personnes ou pour certaines liaisons ;
4° Des adaptations des services aux besoins effectifs.

Les opérateurs exploitant un service régulier en méconnaissance des obligations de service public édictées par la collectivité territoriale organisatrice peuvent se voir infliger par celle-ci une amende administrative calculée comme suit :
1° Pour le transport de passagers : une somme fixée par voie réglementaire multipliée par le nombre de passagers que le navire est autorisé à transporter et multipliée par le nombre de touchées effectuées ;
2° Pour le transport de marchandises : une somme fixée par voie réglementaire multipliée par le nombre de mètres linéaires que le navire peut transporter et multipliée par le nombre de touchées effectuées.

Les dispositions du présent chapitre s'appliquent à la Corse, sans préjudice des dispositions fixées par les articles L. 4424-18 et L. 4424-19 du code général des collectivités territoriales.

Les règles relatives aux transports et aux opérations de remorquage réservés sont fixées par les dispositions des articles 257 à 260 du code des douanes.

Les obligations imposées aux propriétaires d'unités de raffinage de pétrole brut situées en France métropolitaine, en ce qui concerne leurs capacités de transport maritime, sont fixées par les dispositions des articles 6 et 13 de la loi n° 92-1443 du 31 décembre 1992 portant réforme du régime pétrolier.

Les dispositions relatives à la réquisition des services de transport maritime d'intérêt national sont fixées par les dispositions du chapitre III du titre Ier du livre II de la partie II du code de la défense.

Toute personne physique ou morale réceptionnaire, au sens du a du 4 de l'article 1er de la Convention internationale de 2010 sur la responsabilité et l'indemnisation pour les dommages liés au transport par mer de substances nocives et potentiellement dangereuses, adoptée à Londres le 30 avril 2010, de cargaisons donnant lieu à contribution au sens du 10 du même article 1er déclare les quantités reçues pour chaque année civile dans un port, installation portuaire ou terminal français avant le 31 mars de l'année suivante.

L'obligation de déclaration prévue au premier alinéa du présent article est réputée satisfaite si un rapport a déjà été fait pour les substances mentionnées à l'article L. 631-4 du code de l'énergie.

En cas de manquement à l'obligation prescrite par l'article L. 5435-1 dans le délai prévu au premier alinéa du même article L. 5435-1, un procès-verbal de manquement est dressé par les agents assermentés désignés par le ministre chargé des transports. Une copie de ce procès-verbal est remise à la personne physique ou morale qui en fait l'objet. Cette personne a accès au dossier et est mise à même de présenter ses observations écrites dans un délai d'un mois à compter de la communication dudit procès-verbal sur les manquements relevés.

A la suite de la procédure énoncée au présent article, l'autorité administrative peut prendre une décision motivée ordonnant une astreinte par jour de retard, d'un montant déterminé par arrêté, proportionnel aux contributions dues, d'un montant maximal de 1 500 €.

Les conditions d'application du présent chapitre sont fixées par décret.